
對研究人員來說,供應商產品頁面上的一張蛋白質免疫印跡圖片,往往是判斷商業抗體性能的重要依據。但當用於展示抗體驗證結果的圖片出現疑似數字修改,甚至在不同產品、不同供應商之間出現相同背景和條帶時,這些驗證數據還能在多大程度上反映抗體的真實表現?
8月25日,美國西北大學科學計量學研究人員里斯·理查森公布調查結果:在15家抗體供應商的產品目錄中,超過1.8萬張驗證圖片存在疑似數字修改痕跡。這一調查結果,讓商業抗體驗證數據的可信度受到更多關注。
驗證圖片出了什麼問題
據英國《自然》雜誌網站報道,理查森此次對超過27萬張抗體目錄圖片進行了自動化篩查,通過調整圖像黑白水平和對比度以尋找異常,之後再進行人工檢查。他發現,約1.38萬張圖片使用了7種高度相似甚至完全相同的背景,其中一些還出現在不同公司的不同抗體產品中。此外,部分圖片存在疑似塗抹、複製、粘貼背景和條帶等情況。
理查森還發現,一些相同的驗證圖片出現在不同公司的產品目錄中。美國《科學家》雜誌網站報道稱,這可能與抗體行業的貼牌供應有關:一些供應商並非抗體的實際生產者,而是從其他企業獲得抗體及相關數據,再以自己的品牌銷售,因此同一種抗體及其驗證圖片可能出現在不同公司的目錄中。
但在部分案例中,問題似乎並不只是“同一張圖片被重複使用”。理查森發現,一些圖片不僅共享相同背景,還疑似出現相同條帶被放置在不同位置、用於不同抗體的情況。
圖像數據分析專家指出,在沒有原始實驗數據的情況下,僅憑經過處理的圖片無法判斷修改者的真實意圖;有些情況下,真實存在的實驗條帶可能只是被移動到了另一個背景上。
但供應商官網上的驗證圖片本身就是選擇產品的重要依據。無論圖片來自企業內部實驗還是外部供應鏈,如果缺乏完整的原始數據支撐,研究人員就很難判斷圖片在多大程度上反映了真實實驗結果。
供應商需回應質疑
此次調查涉及15家供應商,企業方面並未給出完全一致的回應。
Abcam表示,公司會對自行開發的產品進行內部驗證,同時審查外部提供的數據圖片。發現問題後,公司會盡可能追溯原始數據,在無法獲得原始數據的情況下刪除相關圖片,目前相關審查正在進行。MilliporeSigma表示,其目錄中的抗體既包括內部開發產品,也包括從外部獲得的產品,目前正在審查相關圖片。LSBio也表示,將調查被指出的蛋白質免疫印跡圖片及其源數據。
作為最早受到質疑的供應商之一,賽默飛世爾科技仍表示對其抗體目錄產品的質量保持信心,同時正在審查相關圖片。公司此前解釋稱,部分目錄中的蛋白質免疫印跡圖片可能經過編輯、優化或其他展示性調整,並對未經編輯的原始圖片和經過處理的圖片進行了區分。
截至目前,疑似異常圖片已被公開記錄,但圖片背後的原始實驗數據、具體處理過程及責任主體,仍有待進一步調查和獨立覈驗。
推動建立第三方驗證體系
抗體可靠性並不是這次調查纔出現的問題。《自然》報道稱,2023年,一項針對614種商業抗體的研究發現,超過一半的抗體沒有達到供應商宣稱的效果。與此同時,無效抗體造成的科研成本也十分可觀,每年相關損失估計超過10億美元。
過去10年間,科研界一直在推動更加嚴格的抗體驗證。一些研究人員則開始嘗試建立獨立於供應商之外的第三方驗證體系。
“Only Good Antibodies”平台就是其中之一。該平台由英國萊斯特大學等機構的研究人員參與推動,目前已經對1600種商業抗體進行了獨立驗證,並開發了瀏覽器插件,幫助研究人員在瀏覽供應商目錄時查看相關抗體是否經過獨立測試。
由結構基因組學聯盟發起的YCharOS項目也在開展類似工作。研究人員利用CRISPR技術敲除細胞中的目標蛋白基因,再比較正常細胞與敲除細胞中的抗體信號,以判斷抗體是否真正識別目標蛋白,以及是否存在非特異性結合。該項目與供應商合作,由第三方按照統一流程進行檢測,並公開展示結果。
現在,供應商目錄中的驗證圖片仍是選擇商業抗體的重要參考。但在驗證數據來源、處理過程和原始實驗無法充分追溯的情況下,僅憑產品頁面上的一張圖片,很難判斷抗體究竟有多可靠。推動驗證數據更加透明、可追溯,並引入獨立的第三方驗證,或許纔是減少這類爭議的關鍵。
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