1.禪海蠡測（1955）
2.楞嚴大義今釋（1960）
3.楞伽大義今釋（1965）
4.禪與道概論（1968）
5.維摩精舍叢書袁煥仙南懷瑾合著（1970）
6.禪話（1973）
7.靜坐修道與長生不老（1973）
8.論語別裁（1976）
9.習禪錄影（1976）
10.新舊的一代（1977）
11.參禪日記（初集，原名：外婆禪）金滿慈著南懷謹批 （1980）
12.參祥日記（續集）金滿慈著南懷謹批 （1983）
13.定慧初修袁煥仙南懷瑾合著 （1983）
14.孟子旁通（一） （1984）
15.淨名庵詩詞拾零.佛門楹聯廿一副.金粟軒詩話八講 （1984）
16.觀音菩薩與觀音法門（1985）
17.歷史的經驗（一）（1985）
18.道家、密宗與東方神秘學（1985）
19.中國文化泛言（原名：序集）（1986）
20.歷史的經驗（二）（1986）
21.禪觀正脈（上）（1986）
22.一個學佛者的基本信念——華嚴經普賢行願品講記 （1986）
23.老子他說（上）（1987）
24.中國佛教發展史略述 （1987）
25.中國道教發展史略述 （1987）
26.易經雜說——易經哲學之研究（1987）
27.金粟軒紀年詩初集 （1987）
28.如何修證佛法（1989）
29.易經繫傳別講（1991）
30.圓覺經略說（1992）
31.金剛經說什麼（1992）
32.藥師經的濟世觀 （1995）
33.原本大學微言（1998）
34.南懷瑾選集（十冊合集）（2003）
35.花雨滿天 維摩說法 （2005）
36.論語別裁 （2005）
37.答問青壯年參禪者（2005）
38.南懷瑾說佛：現代學佛者修證對話（2007）
39.南懷瑾與彼得.聖吉：關於禪、生命和認知的對話 （2007）
40.莊子諵嘩 （2007）
41.人生的起點和終點（2008）
42.小言黃帝內經與生命科學（2008）
43.周易今註今譯解二十卦（2009）
44.老子他說 續集（2009）
45.禪與生命的認知初講（2009）
46.南懷瑾先生答問集（2009）
47.我說參同契（2009）
48.老子他說續集（2010）
49.維摩詰的花雨滿天（上下冊）（2010）