澳門現有四個國家重點實驗室，分別是模擬與混合信號超大規模集成電路國家重點實驗室、中藥質量研究國家重點實驗室、智慧城市物聯網國家重點實驗室、月球與行星科學國家重點實驗室。

模擬與混合信號超大規模集成電路國家重點實驗室成立於2010年，由澳門大學組建，是目前粵港澳大灣區唯一一個集成電路國家重點實驗室。實驗室的主要任務是聚焦納米集成電路設計領域，為大學、研究機構或合作企業提供先進的納米集成電路設計的研發技術及行政管理支援。實驗室成立以來，通過產學研協同創新模式，持續推動區域技術升級，並圍繞國家科技發展規劃部署的重點領域和課題，深入開展科研合作。2023-2024年，澳門大學獲全球頂級集成電路會議IEEE ISSCC收錄的論文數量位列中國高校第一。

中藥質量研究國家重點實驗室成立於2011年，由澳門大學與澳門科技大學共同組建，北京大學天然藥物與仿生藥物國家重點實驗室為其夥伴實驗室，是我國中醫藥領域成立的首個國家重點實驗室，也是澳門第一批國家重點實驗室。2020年獲得政府專項資助計劃建立了諾獎獲得者工作站“埃爾文·內爾博士生物物理與創新藥物實驗室”。實驗室成立以來，為澳門中醫藥產業提供了强大的科研支持，助力澳門形成新的經濟增長點。

智慧城市物聯網國家重點實驗室(SKL-IoTSC)成立於2018年，由澳門大學組建，是全國首個致力於智慧城市物聯網領域的國家重點實驗室。實驗室的核心使命是通過推進基礎理論、算法和系統，致力於開發示範性的智慧城市應用，解决智慧城市物聯網領域的關鍵科學與技術挑戰，打造具有鮮明本地特色的世界級研究中心。實驗室成立以來，研究重點集中在智能傳感與網絡通信、城市大數據與智能技術、智慧能源、智能交通、城市安全與災害防治等五個關鍵領域。

月球與行星科學國家重點實驗室成立於2018年，由澳門科技大學組建，是天文與行星科學領域唯一一個國家重點實驗室。實驗室的成立是國家大力發展深空探測，推動粵港澳大灣區科技創新，提升澳門科技水平的重要舉措。實驗室的總體目標是面向世界深空探測科學前沿，建成具有國際影響力的行星科學研究中心和國際間行星科學高水平學術交流合作中心。實驗室成立以來，開展了多項月球與行星科學的基礎研究工作，參與了包括嫦娥系列、天問系列等項目，並取得了一系列重要成果。