聖保祿學院又稱“天主聖母學院”，是天主教耶穌會於1594年在澳門創立的一間高等學院，也是東亞地區第一所具有現代大學意義的高等學院。曾在聖保祿學院攻讀畢業而入華傳教的耶穌會士約200人，包括像利瑪竇、湯若望、南懷仁、衛匡國、郎世寧等耳熟能詳的名字，都是聖保祿學院的畢業生。

聖保祿學院建築群從1594年開始興建，早期建築較為簡單，主要是用竹、木和茅草搭建成的非常簡陋的房子。

1595年、1601年兩次遭遇火災，早期建築基本損毀。1602年開始第三次重修，現大三巴牌坊左側還可見到當時的奠基石。

據相關文獻記載，教堂的複建費時良久，直至1637至1640年間才完工。聖保祿學院在建造過程中，不僅建成了教堂、學院以及住宅區等附屬設施，為保證學院的封閉性及防禦外部威脅，在1606年前後還建造了圍牆。1762年7月，因葡萄牙王室全面驅逐耶穌會士，聖保祿學院被迫關閉，所有的不動產交給市政廳。

1835年1月26日，一場大火徹底吞噬了聖保祿學院和教堂，僅剩下教堂前壁以及學院區的一部分建築。

聖保祿學院遺址位於澳門半島中部制高點——炮台山西北山麓，現存遺跡主要由聖保祿教堂、教學區南翼建築及大炮台三處遺跡構成，其中聖保祿教堂（又稱“天主之母教堂”）體現了歐洲文藝復興時期巴洛克建築風格與東方建築樣式相結合的特色，是當時東方最大的天主教教堂，目前尚存的教堂前壁（俗稱“大三巴牌坊”）被視為澳門標誌之一，也是澳門歷史城區的重要建築之一。

從1594年創建至1762年關閉，聖保祿學院為包括日本、韓國、中國內地等在內的東亞地區培養了大批傳教士，有力推動了東亞地區現代教育的發展。從聖保祿學院畢業的耶穌會士，翻譯、注釋中國儒家經籍，把中國傳統文化帶到歐洲各國廣為傳播，使歐洲國家掀起研究漢學的熱潮，同時西方國家的科學技術文化也經耶穌會士傳到中國來，為中西科技、文化交流作出了卓越貢獻。